Alimentation et microbiote intestinal : ce que vous devez savoir !

Mise à jour mai 2024

Pour fin de lecture, les chiffres encerclés réfèrent aux numéros des références annexées au présent document.

Bienvenue dans le monde fascinant du microbiote intestinal. Il s’agit d’un environnement grouillant de micro-organismes possédant multiples fonctions et caractéristiques (6) (20).  Découvert par la communauté scientifique depuis quelques années,  l’immense potentiel de ce dernier attire aujourd’hui l’attention de nombreux chercheurs et professionnels de la santé. Il est affirmé que se trouverait, à l’intérieur du corps, une immense communauté permettant de trouver des réponses à plusieurs questions de la santé humaine jusqu’à maintenant non expliquées. L’enthousiasme quant au microbiote et son influence sur la santé globale est certes, bien au rendez-vous. Vous l’aurez deviné, qui dit « intestin » dit « digestion» et «alimentation ». Dans ce texte, ce fameux microbiote sera vulgarisé, son implication sur la santé humaine ainsi que ses liens avec l’alimentation seront détaillés. Les aliments à favoriser au menu, ainsi que ceux à limiter seront également décrits.

Les bactéries et autres micro-organismes dont il est composé

On a longtemps sous-estimé le pouvoir des bactéries intestinales, mais voilà que les études des dernières années démontrent toute l’importance du type de famille de bactéries (variété et diversité) que l’on héberge au sein de l’organisme, de leur taux d’occupation (quantité) et des molécules qu’elles sécrètent ou permettent de sécréter pour favoriser un état d’équilibre dans le corps (14)(17). Leur variété et leur quantité sont les clés d’une santé optimale (12) (17).

Le microbiote intestinal se définit comme étant l’ensemble des bactéries, des virus et des levures vivant dans un milieu déterminé, soit l’intestin (6) (20). En quelques chiffres il compte (17)(21)(22) :

• 100 000 milliards de bactéries
• Chaque individu héberge au moins 160 espèces sur un total de 1 150 espèces qui colonisent le tractus gastro-intestinal.
• 70 à 80% des cellules immunitaires cohabitent avec le microbiote

Le pouvoir du microbiote intestinal

Par le rythme de vie actuel, et pour différentes raisons liées à l’environnement et aux habitudes de vie, il est parfois difficile d’offrir les conditions optimales aux bactéries intestinales (10)(17). Les deux paramètres;  l’environnement et les habitudes de vie, influencent grandement l’équilibre du microbiote (10)(17). Et si on regardait cela d’un peu plus près.

Les habitudes de vie (alimentation et activité physique) sont les facteurs qui influencent le plus de la composition du microbiote (12)(20) ! En combien de temps les changements se font voir? Certaines études ont observé des changements dans le microbiote en seulement 24 heures  (3)(10)(16)! Impressionnant, non?

Vous comprendrez donc qu’à plus ou moins long terme, ces facteurs déterminent s’il y aura dysbiose ou eubiose au sein du microbiote (6). Le déséquilibre, la dysbiose, est associé à plusieurs problématiques de santé globale (6)(20).

La littérature actuelle permet d’observer un lien entre le microbiote et différentes pathologies telles que (1)(2)(6)(10)(12)(17)(20) :

• Les maladies chroniques (diabète de type 2, obésité, maladies cardiovasculaires, hypertension)
• Maladies auto-immunes (maladie cœliaque, polyarthrite rhumatoïde)
• Troubles immunitaires (asthme, allergies)
• Symptômes gastro-intestinaux (ballonnements, gaz, diarrhée, constipation)
• Maladies du système digestif (colite ulcéreuse, maladie de Crohn, syndrome de l’intestin irritable)
• Maladies de la peau (acné, rosacée, eczéma, psoriasis)
• Problèmes de santé mentale (Trouble du spectre de l’autisme, Alzheimer, dépression, anxiété)

Inflammation et perméabilité intestinale

Comment un seul organe peut-il avoir un impact aussi systémique ? Autrement dit, comment un simple déséquilibre en bactéries peut-il être associé à autant de problèmes à tant d’endroits différents dans l’organisme ?

Il est ici question d’inflammation et de perméabilité intestinale. Voir l’article de blogue Perméabilité intestinale ou « leaky gut », ce qu’il importe de savoir !

Lors d’une dysbiose, une perte d’efficacité dans la barrière de défense intestinale est présente, laissant ainsi circuler des molécules de l’extérieur de l’intestin vers l’intérieur et vice-versa (17). Vous vous souvenez, un peu plus haut il est mentionné que 70 à 80 % du système immunitaire se logeait dans la paroi de l’intestin (21) ? Eh bien, que croyez-vous qu’il arrive, lorsque ces molécules s’infiltrent dans le système digestif ? Les petits soldats se mettent à l’œuvre et la réponse immunitaire devient parfois inappropriée, ce qui peut occasionner ce qu’on appelle, l’inflammation de bas grade (17).

D’un autre côté, cette fameuse inflammation peut se créer directement dans le microbiote intestinal, en fonction des familles de bactéries qui s’y installent, puisque certaines d’entre elles contribuent au processus inflammatoire (17). En effet, des bactéries sont reconnues pour fabriquer, à partir des nutriments consommés, des molécules dites pro-inflammatoires (17). Ici, vous pouvez vous imaginer l’impact de l’alimentation sur l’équilibre digestif.

Alimentation et microbiote : les aliments vedettes à consommer

Les fibres alimentaires

Saviez-vous que ces dernières (les fibres) se retrouvent exclusivement dans les aliments de source végétale ? En effet, les fibres sont présentes dans les fruits et légumes, les noix et graines, les grains entiers et les légumineuses. Vous l’aurez deviné, les fibres agissent positivement sur le microbiote en nourrissant les bonnes bactéries (1)(9). En plus des bienfaits qu’on leur attribue pour la régulation du transit, elles agissent de manière indirecte sur les processus inflammatoires et la capacité du système immunitaire à faire face aux intrus (6)(10)(17). À ce propos, des études ont observé qu’une diminution drastique de glucides et de fibres est associée à une baisse de la quantité totale des bactéries intestinales (4)(13). À l’inverse, la consommation élevée de fibres favorise la présence de « bonnes » bactéries intestinales (1)(2)(10). Les fibres contribuent à la production des acides gras à chaîne courte par leur fermentation par les bactéries intestinales (1)(6)(10)(17)(18). Les molécules ont plusieurs rôles bénéfiques sur la santé, donc favoriser les processus davantage anti-inflammatoires (6)(10)(17). Rappelez-vous, plus les bactéries sont présentes en nombre et en variété, plus le microbiote est sain (17) ! Les fibres sont donc vos alliés.

Les prébiotiques

Les prébiotiques se définissent comme une forme de glucides non digérés par les cellules de l’intestin, destinés plutôt à nourrir les bactéries qui, elles, les fermentent et produisent divers métabolites (3)(5)(7)(9). Elles stimulent la croissance sélective des bactéries bénéfiques et contribuent à favoriser l’implantation des bactéries productrices de butyrate, un acide gras à chaîne courte (6)(9)(17). Indirectement, les prébiotiques permettent de diminuer la prolifération des mauvaises bactéries en influençant positivement les défenses immunitaires (9)(10). En servant de nourriture aux micro-organismes bénéfiques, ils contribuent également à l’absorption de certains minéraux (7).

Les prébiotiques se regroupent sous plusieurs types et se retrouvent entre autres dans la betterave, l’asperge, l’ail, l’oignon, le poireau, l’artichaut, les haricots, les lentilles, la banane plutôt verte, l’avoine et la pomme de terre (3)(6).

Les polyphénols

Au cours des dernières années, la science a démontré que les polyphénols avaient un rôle de prébiotiques sur les bactéries intestinales (17). En effet, la consommation de certains polyphénols contribue à augmenter la diversité microbienne (17). Ces modifications du microbiote intestinale ont des conséquences positives sur l’immunité et l’inflammation, surtout grâce au fait qu’ils assurent, entre autres, l’intégrité de la barrière intestinale (17). Les polyphénols se retrouvent entre autres dans les petits fruits, le café, le thé et le vin (17).

Les probiotiques et les aliments fermentés

Par définition, les probiotiques sont des micro-organismes vivants qui, lorsque consommés en quantité suffisante, confèrent un bénéfice à l’hôte (3)(5)(7)(8). Ce sont dans les capsules et dans les produits à boire de certaines compagnies que l’on trouve généralement des probiotiques à proprement dit (7)(8). Le nombre de bactéries présentes et les souches de bactéries doivent être bien contrôlés et indiqués (7)(8). De plus, pour avoir leurs bienfaits, les bactéries des probiotiques doivent se rendre à l’intestin! C’est pour cette raison que les produits commerciaux ont des capsules entérosolubles qui résistent à l’estomac (7)(8).

Les aliments dits fermentés peuvent également contenir des micro-organismes, mais ne sont pas à proprement parler des probiotiques selon la définition officielle (7)(8). En effet, le nombre de bactéries présentes n’est pas régulé et il n’y a pas d’uniformité (7)(8). Les aliments fermentés peuvent notamment être issus de la fermentation des produits laitiers, des légumes ou encore du soya (7)(8). Concrètement, on pense à la choucroute, au miso, au tempeh, au kimchi (mélange de chou et légumes fermentés), au kombucha et au kéfir. La fermentation permet un apport supplémentaire en micro-organismes et facilite l’absorption également de plusieurs vitamines et minéraux essentiels à l’intégrité du microbiote (7).

Alimentation et microbiote : les aliments à limiter

Voici les aliments à limiter, pour un microbiote en bonne santé.

Les sucres raffinés

La surconsommation de sucre affecte négativement les communautés de bactéries intestinales et, conséquemment, la santé globale (23). Des études observent que la consommation élevée de sucres ajoutés modifie les bactéries intestinales, ce qui peut conduire à une augmentation de la production de métabolites non souhaités (23).

Les édulcorants

Les études actuelles menées auprès de modèles animaux montrent qu’un microbiote soumis à la consommation d’édulcorants (aspartame, sucralose, sucre-alcool, entre autres), serait associé à une modification du microbiote intestinal (17)(19)(20). En est-il de même chez l’humain ? La science ne l’affirme pas encore (17)(19). Toutefois, ces aliments sont reconnus pour augmenter l’envie d’aliments sucrés et sont présents dans les aliments peu nutritifs (19). Ces faux sucres ont tout avantage à ne pas se retrouver dans votre garde-manger.

Les protéines animales

Les chercheurs confirment maintenant qu’une alimentation riche en protéines animales favorise la libération de métabolites bactériens nocifs pour l’organisme (1)(11)(15)(17)(18)(23). Également, chez les modèles animaux, ils ont observé qu’une diète riche en gras saturés augmenterait la présence de molécules associées à l’inflammation dans la circulation sanguine ainsi qu’au cerveau (1)(16)(23).

Les aliments transformés

Eh oui, beaucoup de produits sur les tablettes contiennent une combinaison de gras saturés (huile de palme, de palmiste, huiles hydrogénées, shortening) et de sucre. Sans parler de la présence des additifs alimentaires et parfois, des édulcorants. Pour cette raison, il semble évident que plusieurs éléments figurant dans la liste d’ingrédients  des aliments transformés auraient des répercussions sur le microbiote (2)(4)(17)(23). De plus, une grande consommation de ces derniers s’accompagne certainement d’un apport plus faible en fibres alimentaires, ces dernières étant très précieuses pour la santé intestinale (1). Dans la littérature, les études ont constaté que des effets néfastes sur la santé microbienne de l’alimentation dite « Western », alimentation faible en fibres et riches en gras saturés, en protéines animales et en sucres ajoutés (1)(2)(4)(13)(15)(17)(18). À l’inverse, une alimentation basée sur les végétaux (plant-based) riches en fibres et faibles en gras est associée à un meilleur « profil » bactérien (4)(11)(17)(18) !

Vous l’aurez compris, il existe plusieurs bonnes raisons de prendre soin de son microbiote et cela passe, en partie, par l’alimentation. Il reste encore une foule de choses à découvrir sur ce merveilleux monde microbien et déjà, on comprend son immense potentiel. Cela rappelle également l’importance de prendre soin de soi au quotidien et d’adopter de saines habitudes de vie. Qui plus est, bien qu’elles soient plus spécifiques, les recommandations en lien avec l’alimentation et la santé du microbiote ne diffèrent pas des principes généraux de saine alimentation.

À votre santé et à celle de vos milliards de micro-organismes!