Un nombre effarant d’études scientifiques à l’échelle internationale portent sur le microbiote intestinal notamment, en lien avec le rôle qu’il joue sur notre santé physique et mentale.
Différentes données nous montrent que selon sa composition, nous pouvons présenter des symptômes ou manifestations diverses, voire même certaines pathologies.
Saviez-vous qu’il existe des analyses permettant de connaître une partie de celles et ceux qui habitent au sein du microbiote intestinal, leurs activités et le niveau d’équilibre de ses composantes?
Est-il possible pour chaque personne d’avoir son propre profil pour ensuite, apporter les ajustements nécessaires à son mode de vie?
Et bien, sachez qu’il existe plusieurs types d’analyses de microbiote intestinal sur le marché international, certaines plus pertinentes que d’autres, d’où la frilosité encore présente de l’utiliser comme outil clinique, puisqu’on peut se perdre dans les données recueillies et surtout, choisir le mauvais type de test en fonction de nos symptômes ou de ce que l’on cherche à savoir. Il est donc important d’être bien informé et de connaître également, les limites de ces analyses dans notre quête de réponses.
Chacune de ces analyses apporte des précisions à différents niveaux et à un degré divers de détails. Certaines se basent sur des algorithmes à partir de leur propre base de données, d’autres ont intégré des façons d’analyser les données afin de pousser plus loin les résultats qu’ils livrent aux clients.
Alors, lequel choisir si on souhaite entreprendre une telle démarche selon les objectifs que l’on poursuit?
1. Gène 16S rRNA
C’est une méthode largement utilisée pour identifier et comparer les bactéries au sein d’un échantillon donné. Le gène 16S rRNA est fortement conservé chez différentes espèces bactériennes, permettant aux chercheurs d’identifier les bactéries en séquençant cette région génétique spécifique.
Avantages du gène 16S rRNA
Rentable : Moins coûteux par rapport à d’autres méthodes de séquençage.
Largement utilisé : Technique bien établie avec des bases de données de référence étendues.
Rapide : Fournit des informations rapides sur la composition bactérienne d’un échantillon.
Inconvénients du gène 16S rRNA :
Portée limitée : Ne cible que les bactéries, omettant d’autres microorganismes comme les virus, les champignons et les archées.
Limitations de résolution : Peut ne pas faire de distinction entre des espèces ou des souches étroitement liées.
Biais : Susceptible au biais d’amplification (exagération des résultats), ce qui peut fausser le rapport obtenu.
2. PCR (Réaction en chaîne par polymérase)
La PCR est une technique de biologie moléculaire utilisée pour amplifier des séquences d’ADN spécifiques, facilitant leur détection et leur quantification. Dans les études sur le microbiome, la PCR peut cibler des gènes spécifiques, y compris ceux provenant de bactéries, de virus ou d’autres microorganismes. Cependant, comme la PCR doit spécifier à l’avance quelles séquences d’ADN amplifier, cette méthode ne détecte qu’un petit nombre d’organismes prédéfinis au lieu d’identifier l’ensemble du microbiome.
Avantages de la PCR :
Très spécifique : Peut cibler et amplifier des séquences d’ADN spécifiques avec une grande précision.
Rapide et efficace : Fournit des résultats rapidement et peut détecter même des organismes en faible abondance.
Polyvalente : Peut être appliquée à une large gamme de cibles génétiques (on peut donc détecter plusieurs types de gènes).
Inconvénients de la PCR :
Approche ciblée : N’amplifie que les séquences d’intérêt, omettant tout autre matériel génétique important. En pratique, les méthodes PCR n’identifient que 20 à 30 organismes communs plutôt que les centaines d’espèces différentes qui vivent dans votre intestin.
Biais : Susceptible au biais des amorces, ce qui peut influencer la détection et la quantification de certains organismes. Des pourcentages élevés de faux positifs ont été observés pour les tests microbiomiques PCR courants.
Portée limitée : Ne fournit qu’une vue très limitée de l’ensemble de la communauté microbienne.
3. Métagénomique shotgun
La métagénomique shotgun est une méthode de séquençage avancée qui consiste à fragmenter aléatoirement tout l’ADN d’un échantillon, à le séquencer, puis à réassembler les séquences à l’aide de méthodes computationnelles (méthodes de calcul pour mieux comprendre des relations complexes). Contrairement au gène 16S rRNA et à la PCR, la métagénomique shotgun capture tout le matériel génétique d’un échantillon, offrant une vue complète du matériel génétique dans le microbiome.
Avantages de la métagénomique shotgun :
Complète : Séquence tout l’ADN de l’échantillon, y compris les bactéries, les virus, les champignons, les archées et plus encore.
Haute résolution : Fournit des informations détaillées jusqu’au niveau des espèces, voire des souches.
Aperçus fonctionnels : Identifie les gènes et leurs fonctions potentielles, révélant les activités de la communauté microbienne.
Science du microbiome : De plus en plus d’études relient les souches et les microbes non bactériens à de nombreux aspects de la santé qui ne sont pas capturés par les méthodes 16S ou PCR, ce qui signifie qu’il est uniquement possible de comprendre pleinement l’impact du microbiome sur votre santé grâce à une évaluation métagénomique shotgun.
Inconvénients de la métagénomique shotgun :
Coût plus élevé : Plus cher en raison du séquençage extensif et de l’analyse computationnelle requise.
Données complexes : Génère des quantités extrêmement grandes de données nécessitant des outils computationnels sophistiqués pour l’analyse. Des centaines d’espèces différentes en quantités variées peuvent être écrasantes à analyser sans l’intelligence artificielle.
Pourquoi l’approche de Jona est différente des autres?
Chez Jona, nous concevons qu’une compréhension approfondie du microbiome nécessite plus que l’identification de quelques espèces bactériennes ou le ciblage de gènes spécifiques. C’est pourquoi nous utilisons le séquençage métagénomique shotgun, une méthode qui surmonte les limitations du gène 16S rRNA et dépasse l’approche ciblée de la PCR en termes de qualité, de précision et d’exhaustivité.
Notre approche métagénomique séquence tout l’ADN d’un échantillon, fournissant une vue complète de l’ensemble de la communauté microbienne, y compris les bactéries, les virus, les champignons, les protistes et les archées jusqu’au niveau des souches. Cette perspective holistique nous permet de comprendre toute la complexité du microbiome et son impact sur la santé. Contrairement au 16S, qui peut manquer des différences subtiles entre les espèces, ou à la PCR, qui se concentre sur quelques cibles spécifiques, notre séquençage métagénomique fournit des informations détaillées au niveau des espèces et des souches, ainsi que des capacités fonctionnelles comme les voies métaboliques et la résistance aux antibiotiques.
Cependant, faire simplement de la métagénomique shotgun ne suffit pas pour comprendre votre microbiome, car on pourrait facilement se noyer dans toutes les données produites. C’est pourquoi le système unique d’intelligence artificielle (IA) de Jona déchiffre ces données en scannant systématiquement toutes les études scientifiques sur le microbiome afin de relier votre microbiome à chaque étude publiée, pour que vous puissiez comprendre comment votre microbiome complexe est lié à votre santé et aussi pour trouver des réponses. De plus, notre IA lit toutes les études sur les impacts de l’alimentation, du mode de vie et des suppléments sur le microbiote, afin que nous puissions vous aider à élaborer un plan personnalisé.